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Na Mapaprop não é necessário excluir propriedades para despublicar. Você pode despublicar sem excluir.

Os empreendimentos são excluídos a partir da ficha de Administrar Empreendimento > Botão Excluir.

Tenha em conta que você não pode excluir um empreendimento se antes não forem desvinculadas todas as propriedades dependentes, caso tenha adicionado alguma.